Das Projekt Tangente Zug / Baar stellt einen wesentlichen Eingriff in die noch intakte Landschaftskammer zwischen Zug und Baar dar. Das Projekt beinhaltet deshalb auch eine umfangreiche Planung im Umweltbereich. Neben den üblichen Schutzmassnahmen wie Lärm, Staub und Sichtschutz ist auch der Hochwasserschutz ein wichtigen Bestandteil des Projekts.
Grosszügige Abflussprofile, durchgehende Freiborde von 0.5 m und die Erstellung von vier Geschiebesammlern  in Form lokalen Aufweitungen) schaffen Raum und Puffer für anzustrebende dynamische natürliche Prozesse wie Erosionen und lokale Auflandungen.
Zusammen mit dem Ausbau des Margelbaches beim Hof Grossacher wird die Überschwemmungsgefahr bei grossen Regenereignissen Eingedämmt und das Siedlungsgebiet vor Hochwasser und überfüllten Kellern besser geschützt.
Das grössere Abflussprofil ist auch toleranter für Einwüchse. Damit kann der Unterhalt auf offenen Strecken minimiert und in den Bereich der Geschiebesammler konzentriert werden. In und an den Gewässern soll sich mit der Schaffung verschiedener Habitate eine vielfältige Flora und Fauna entwickeln können.