Die Schulleitung der Kantonsschule Menzingen, bestehend aus der Rektorin Gabrijela Pejic-Glisic, der Prorektorin Katharina Pretnar und den Prorektoren Johannes Käser und Patric Matter, führt die Schule und trägt mit allen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern die Verantwortung für den Schulbetrieb und die Weiterentwicklung der Schule.

• Gabrijela Pejic-​Glisic, MSc, Biochemie, Rektorin
• Johannes Käser, MSc, Physik, Prorektor
  zugeteilte Klassen: 1b ,2b, 3c, 3e, 3f, 4e, 4f, 5e und 5f
• Patric Matter, Dipl. Natw. ETH, Prorektor
  zugeteilte Klassen: 1a, 2a, 3d, 4c, 4d, 5c und 5d
• Katharina Pretnar, Lic. phil., Französische Sprach-​ und Literaturwissenschaft, Prorektorin
  zugeteilte Klassen: 3a, 3b, 4a, 4b, 5a, 5b, 6a, 6b, 6c, 6d, 6e und 6f