Bei Spätschnitt erfolgt der erste Schnitt auf der angemeldeten Fläche mindestens 14 Tage (Stufe 1) oder mindestens einen Monat (Stufe 2) nach dem vorgegebenen Termin der Direktzahlungsverordnung des Bundes. Der Mahdaufschub fördert spätblühende Pflanzen- und davon abhängige Tierarten. Eine gestaffelte Schnittnutzung sichert der Fauna Rückzugsgebiete und Nahrung. Der Beitrag wird in Naturschutzgebieten auf Streueflächen, Extensivwiesen, Uferwiesen sowie artenreichen Grün- und Streueflächen im Sömmerungsgebiet entrichtet. Auf Flächen mit flexiblem Schnittzeitpunkt gemäss dem kantonalen Reglement für Vernetzungsprojekte kommt dieses Programm nicht zur Anwendung. Das Programm "Spätschnitt" kann mit dem Programm "Mähbrache" kumuliert werden. Der Beitrag für den Spätschnitt wird in diesem Fall aber nur für die geschnittene Teilfläche (70%) der Fläche ausbezahlt.