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Die Pharmazeutische Abteilung übernimmt Vollzugsaufgaben im Rahmen der kantonalen Zuständigkeit zum Schutze der Gesundheit mit dem Ziel, nur qualitativ hochstehende, sichere und wirksame Heilmittel in den Verkehr zu bringen (z.B. Schutz vor Fälschungen, zweckentsprechende und massvolle Anwendung). Die Pharmazeutische Abteilung überwacht die Einhaltung der eidgenössischen und kantonalen Heil- und Betäubungsmittelvorschriften. Ebenfalls überwacht sie die im Heilmittelbereich tätigen Personen und den gesamten Heilmittelverkehr in Zusammenarbeit mit dem Schweizerischen Heilmittelinstitut (Swissmedic) und weiteren Behörden (z.B. Regionale Fachstelle der Ost- und Zentralschweiz). Sie erstellt die im Heilmittelbereich erforderlichen Bewilligungen und führt Inspektionen zur Überprüfung des fachgemässen Umgangs mit Heilmitteln durch.